Hola, lo primero es derivar al paciente a un odontólogo-ortodoncista ya que el prognatismo en función de la edad del paciente solo se puede corregir vía quirúrgica o con ortodoncia fija, al igual que el apiñamiento dental. Respecto a la dificultad fonética en la pronunciación del fonema /r/, no creo que se deba principalmente al prognatismo y al apiñamiento dental, debido a que la pronunciación del fonema /r/ requiere de la lengua la cual se mueve rápidamente en un movimiento de lanzamiento, de atrás adelante, rozando el paladar óseo hasta las protuberancias alveolares y los bordes rozan la cara interna de los alvéolos de los incisivos superiores.
Por ello yo llevaría a cabo una rehabilitación como si de un rotacismo se tratase.
Saludos.